頂きすぎた送料に関してはお返しするのが法律上のルールとなっています。
●参照●
オークション > Yahoo!オークション法律相談室 > 払いすぎた送料のゆくえは？http://auction.yahoo.co.jp/legal/010/question/

方法は振込みが一般的ですが、
頂きすぎた金額分の切手をその場で購入して
荷物内に入れ、封を閉じ、発送するのが良かったのでは？と思います。
もし、今後もオークションを利用するのであれば、
デジタルスケール（はかり）は必需品です（*＾-＾*）
購入を検討されてもよろしいかと思います。
（ホームセンターで安いときは980円くらいです。）

また、当サイトの梱包方法でも触れていますが、http://asd.sakura.ne.jp/sanka/2_konpou.htm
イーバンク、新生銀行のお口座があればこういう時本当に便利ですヨ。（振り込み手数料が無料です）

今回は、相手に
「●●円頂きすぎました。返金させていただこうと思います。」と申し出た方がいいでしょう。

切手での返金を希望と相手に伝えます。
落札金額によっては赤字になるかもしれませんが、仕方がありません。勉強代と割り切りましょう。発送方法はミニレターが一番安く送ることが出来ます。郵便局窓口で購入（60円）その中に切手を入れます。（薄いものなら同封してもいいことになっています。）
[切手在中]などとは書かないように注意します。
　↑途中紛失の可能性大

「気にしないで下さい」「梱包代としてお納め下さい」「お気持ちだけいただいておきます」など言っていただけることも多々あります。こんな時は

　　　世の中捨てたモンじゃない。

と、オークションが人と触合うことがますます好きになりますよ（＾o＾）
参考にしてください。。。