落札通知内メッセージを太字や文字サイズ変更することは・・・残念ながら出来ません。
タグは使えず、enterで自動改行となります。
つまり、、普通のメール（テキスト）と同じです。

妥協策として、飾り文字などを使って目立たせるという方法があります。

★■　や　━┓　などを使って目立たせてはいかがでしょうか？？

　　　　━　太字ラインは「けいせん」と打つと出てきます。

ちなみにヤフオクから終了メールは来ても落札通知が届かないこともよくあることですよ。（私も経験あります（＾_＾;）そう行ったトラブルを避けるため、一応、出品者からファーストメールを送ることがヤフオクのお約束となっています。

※以下のページ一番下「注意欄」参考にして下さい。
http://help.yahoo.co.jp/help/jp/auct/sell/sell-02.html

どうしても読んで欲しい場合、
出品説明欄にでかでかと書くとかなにか対策をしたほうがいいですね。落札通知に期待せず、（よく読まない方もいますよ）私は落札通知にもメッセージを掲載していますが、メールでも再度送るように心がけています。